たとえば raw pointer の Clone / Copy がアドレスのコピーであることに疑いはないと思うんだけど、よーするにポインタとそれが指すオブジェクトは区別されているわけね。
それで Box / Rc / Arc も Deref を実装した smart pointer であるわけで、その Clone は smart pointer が指すオブジェクトではなく smart pointer そのものの「複製」を意味していると考えるのが自然だと思うんですよ。
であれば、 Rc の Clone 実装が refcount 増加であっても不自然さはないと考えられる
Rc が container でなく smart pointer であるというのは重要な視点かも