何としてもユーザ権限で野良ビルドの必要のある人類へ、これが次善の策としておすすめ
porg - a source code package organizer
http://porg.sourceforge.net/
porg.sourceforge.netporg - a source code package organizer
porg 、野良インストールにおける make install 段階でシステムコールをフックして作成されたファイルの一覧を追跡することで、 uninstall を確実に行えるようにするというソリューションです (たぶんバージョン管理機能は入ってない)
bin ディレクトリのどれとどれが何のパッケージによるものか、みたいなのを人間が覚えておかずに済む程度のもの (まあそれが地味に便利だったけど)