fork するか否かって git リポジトリとしては本質的に全く差異がないはずだけど…… (アクセス権程度の違い)
ありがちなミスとしては、 fork 先のリポジトリで upstream の master とかをちゃんと pull してこないまま、古いコミットから新たなブランチを生やして……みたいなことをしてしまうケースがある。
この場合はだいぶ昔のコミットからブランチを生やすことになるので若干の混乱があるかもしれない
まあこれもローカルで git pull しないままブランチ生やしてリモートの (ローカルより進んだ) master とかに merge しようとしたときに起きることと同じだし、 fork かどうかは全く関係ない