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まずデスクトップと PVE クラスタでやることが違うというのが険しい

Proxmox Backup Server を amd64 ﾏｯｽｨｰﾝでも使えるからデスクトップもこれで済ますという手はもちろんあるのだが……どうするか

当初の目論見としては全部 NAS に置いて NAS 側でスナップショットと遠隔バックアップをセットアップするつもりだったのだが、あまりに NAS が (精確には SMB が？) 遅いのと、ネットワークのどこかがおかしくてたまにマウント失敗していた (最近起きていない) のと、結局 NAS よりローカルの SSD の方が高速なのでそっちを使ってしまうのと、いろいろあって最初のプランは潰えた。
今デスクトップ機のバックアップなにもしてない……

incremental backup と deduplication の両方ができるというのであれば、実際 PBS はかなり有力な選択肢なので、デスクトップ向けの乱立しがちなバックアップソリューションから選ぶよりはずっと良い

FS の一貫性については基本的に btrfs を使っているので一旦 snapshot してから転送すればよかろうということで、そこは何も気にしていない

VM/CT はさておき、デスクトップ機とかのバックアップをするときは依存関係のないデータはできるだけ別個でやった方がよさそうだな