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デスクトップ機では全てを portage (PM) に任せているのであらゆるオレオレインストールが /usr/bin とかに入っていくのだが、サーバだと逆に apt とかで入らないもの全てを ansible とかで管理するので /usr/local/bin とか /opt とかに入っていき、微妙に混乱する
アプリとデータと設定が混在するなら /var/www/${APP} で、アプリとデータと設定が綺麗に分離されるなら /opt/${APP} と /usr/local/{bin,share}/${APP} と /etc/${APP}、とかいうのも既に面倒
全てを docker に丸投げするなら /srv/${APP} に全てを詰め込んで volume として mount してどうにかしてたりしたけど (こうするとバックアップが楽)