私は nginx コンテナと certbot コンテナを別々に立てていて、両者から共通の証明書ディレクトリを volume としてマウントする方式でやっていますね。証明書の更新は、ホストの systemd timer で certbot コンテナを自動起動し、ついでに更新後 SIGHUP を certbot コンテナに送ってやる
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