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そもそも本質的にツリーでないものをツリー状にすべきでないという話です (UI 設計が難しくなるという話はさておいて)
言及にせよ返信にせよ、本当はその先が単一である必然性がないにも関わらず、システムによる制約に人間が慣らされすぎてそういうものだと思い込んでいるだけではと
ブログ記事のタグとカテゴリとかもそうなんだけど、人間は本質的に有向非巡回グラフであるところを階層をなくしてみたりツリーにしてみたりしすぎる、あれ本当によくない
もちろん実装者からすれば DB のアーキテクチャの制約とかまあいろいろあるんだけど、それは実装の詳細なのであって、モデル化として大いなる妥協だという自覚さえも失うのは大変よろしくないと考える次第
folksonomy とかにも一定の合理性があるのは認めるんだけど、あれは必ずしも賢くなくて同意形成もできない不特定多数が協同するという前提でのシステムにおける方法論であって、データを適切に分類するという目的を第一としたとき階層化や implication の関係を抜くのは適切とは思わない