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そもそも git が「分散型」VCS だというのは、コミットが所属リポジトリの名前や URL ではなく中身のデータと過去の歴史でのみ識別されるということ。
つまり、全く同じ履歴を共有した同一のコミットから派生したふたつのブランチを merge する操作は、リポジトリの実体や URL が同じだろうが別だろうが内部的には全く同じなので差異はない