これは仮名マッピングの問題でもあるんだけど、「持って (MoTte)」と「以て (MotTe)」みたいなのって「もっ」だけ打つのがダルいので、その辺りで AZIK か何かみたいな工夫をしないのであれば送り仮名が今の仕組みになっているのは妥当な仕様かなと思う
拗音とか子音部分のみみたいなのをうまく入力できるという前提で考えるなら、語幹だけでやってもいいかもしれない (でも結局処理系拡張的なことをするなら送り仮名の母音まで欲しくなりそうなので今の形の方が入力の情報が多くて都合が良さそうな気はするけど)