うーん……
/// hoge
の各行が #[doc = "hoge"] のエイリアスなので、
#[cfg_attr(all(unix, target_pointer_width = "64"), doc = "[`Unix64Ext`]")]
#[cfg_attr(not(all(unix, target_pointer_width = "64"), doc = "`Unix64Ext`"]
のように局所的に cfg_attr で分岐させる手はありうる
あとは、 docs.rs とか通常の用途では --all-features でビルドしてもらう前提にできるのであれば、とりあえずリンクにはしておいてリンク先アイテムで doc_cfg を使ってバッジを出すとか
doc_cfg - The Rust Unstable Book
https://doc.rust-lang.org/beta/unstable-book/language-features/doc-cfg.html
この unstable book のサンプルでは cfg(doc) でドキュメント生成の場合に無条件で型を存在させるようなことをしていて、そのようなことをすると「実際使えるかはさておいて、 cargo doc したプラットフォームに関係なくドキュメントには記載される」という状況に持っていける