strip されていなかったシンボルとか、バイナリ中に含まれているエラーメッセージ文字列とか、その辺りからバレるのが一番ありがちだとは思う。それ以上はどうだろう。
バグとか脆弱性による挙動の一致をもって有力な根拠とするという手はありそう
ヒューリスティックが絡んでくるものだとそういうのも利用できそう (codec での圧縮とか?)
音声はともかく png とか jpeg のようなものだったら何かしら指紋として使えそうな特徴が残りそうではある。知らんけど。
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